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將幾何深度學(xué)習(xí)與語言模型優(yōu)勢(shì)相結(jié)合 科學(xué)家利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)設(shè)計(jì)全新蛋白質(zhì)

發(fā)布時(shí)間:2023-9-8來源:青島市科技局點(diǎn)擊:返回列表

 

設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)生物材料的可視化示例。
圖片來源:馬庫斯·比勒/《應(yīng)用物理學(xué)雜志》
 
  科技日?qǐng)?bào)北京8月29日電 (記者張夢(mèng)然)美國(guó)麻省理工學(xué)院研究人員在新一期《應(yīng)用物理學(xué)雜志》發(fā)表的論文中,將注意力神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)相結(jié)合,以更好地理解和設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)。該方法將幾何深度學(xué)習(xí)與語言模型的兩種優(yōu)勢(shì)結(jié)合起來,不僅可預(yù)測(cè)現(xiàn)有蛋白質(zhì)特性,還可設(shè)想自然界尚未設(shè)計(jì)出的新蛋白質(zhì)。
 
  蛋白質(zhì)通過構(gòu)建塊的獨(dú)特排列來執(zhí)行大量生物任務(wù)。將這個(gè)幾乎無限的排列庫轉(zhuǎn)化為各自的功能,就可讓研究人員設(shè)計(jì)用于特定用途的定制蛋白質(zhì)。
 
  但蛋白質(zhì)一直難以建模,尤其是人們想要“反向操作”——將所需的功能轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),更是一個(gè)高難度挑戰(zhàn)。
 
  此次新模型就可通過對(duì)基本原理建模,將大自然發(fā)明的一切作為基礎(chǔ),重新組合了這些自然構(gòu)建塊,能實(shí)現(xiàn)新功能并解決多類型任務(wù)。
 
  新建模型將數(shù)字、描述、任務(wù)和其他元素轉(zhuǎn)化為符號(hào)供神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)使用。團(tuán)隊(duì)首先訓(xùn)練模型,根據(jù)不同蛋白質(zhì)的功能來預(yù)測(cè)它們的序列、溶解度和氨基酸組成部分。然后,在收到新蛋白質(zhì)功能的初始參數(shù)后,教它發(fā)揮創(chuàng)造力并生成全新的結(jié)構(gòu)。
 
  這種方法能創(chuàng)造出以前必須溶解在水中的固體抗菌蛋白。在另一個(gè)例子中,團(tuán)隊(duì)采用了一種天然存在的絲蛋白,并將其進(jìn)化成各種新形式,包括賦予其螺旋形狀或褶皺結(jié)構(gòu),讓其具有彈力和韌性。
 
  研究人員表示,該技術(shù)的廣泛性意味著這一模型能應(yīng)用于蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)之外的許多領(lǐng)域,如設(shè)計(jì)具有特定失效模式的材料。
 
【總編輯圈點(diǎn)】
 
  蛋白質(zhì),生命的物質(zhì)基礎(chǔ),它一直是生命科學(xué)領(lǐng)域的研究重點(diǎn)和熱點(diǎn)。人們孜孜不倦,想要了解它、改造它甚至創(chuàng)造它。人工智能已成為蛋白質(zhì)研究的“黃金搭檔”之一,它被用來做蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),創(chuàng)建蛋白質(zhì)分子。此次,深度學(xué)習(xí)和語言模型結(jié)合,新的蛋白質(zhì)應(yīng)運(yùn)而生。先設(shè)定蛋白質(zhì)的功能,再生成蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),知道想要什么,便可以創(chuàng)造什么。這種蛋白質(zhì)能解決現(xiàn)實(shí)問題,執(zhí)行特定任務(wù)。盡管提需求吧,剩下的交給神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)去完成。

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